Le Crédit d'Impôt Recherche (CIR) en 2025 : Un levier crucial pour l'industrie pharmaceutique française

L'industrie pharmaceutique française, pilier de l'innovation médicale, continue de bénéficier du Crédit d'Impôt Recherche (CIR) en 2025, un dispositif fiscal essentiel pour stimuler la recherche et le développement (R&D) dans ce secteur stratégique. Cependant, des changements significatifs apportés par le Projet de Loi de Finances (PLF) 2025 vont impacter son application et son efficacité.

Un soutien financier significatif, mais en évolution

En 2025, le CIR reste un atout majeur pour les entreprises pharmaceutiques, leur permettant de déduire 30% de leurs dépenses de R&D éligibles jusqu'à 100 millions d'euros. Ce mécanisme s'applique aux activités de recherche fondamentale, de recherche appliquée et de développement expérimental, couvrant ainsi l'ensemble du processus d'innovation pharmaceutique.

Toutefois, le PLF 2025 introduit des modifications importantes :

1. Réduction du taux des frais de fonctionnement : Le taux applicable aux frais de fonctionnement est abaissé de 43% à 40%, réduisant ainsi la part des dépenses indirectes éligibles au crédit d'impôt.
2. Suppression des avantages liés aux jeunes docteurs : Le doublement des dépenses pour l'embauche des jeunes docteurs est supprimé, ce qui pourrait impacter le recrutement de chercheurs hautement qualifiés dans l'industrie pharmaceutique.
3. Exclusion de certaines dépenses : Les dépenses liées à la veille technologique ainsi que les frais de brevets et certificats d'obtention végétale (COV) ne sont plus éligibles au CIR.
4. Nouvelle définition des subventions publiques : Les aides versées par des entités privées chargées d'une mission de service public sont désormais incluses dans la définition des subventions publiques.

Impact sur l'industrie pharmaceutique

Pour le secteur pharmaceutique, caractérisé par des investissements R&D intensifs et des cycles de développement longs, le CIR représente un soutien financier crucial. Il permet notamment de :

1. Financer les études cliniques de phases I à III, considérées comme partie intégrante du processus de recherche éligible au CIR.
2. Soutenir la conception et l'évaluation de nouveaux dispositifs médicaux implantables.
3. Encourager la définition et la montée en échelle des procédés de synthèse de nouvelles molécules et médicaments.

Cependant, les modifications apportées par le PLF 2025 pourraient avoir des répercussions significatives sur la stratégie R&D des entreprises pharmaceutiques. La réduction du taux des frais de fonctionnement et la suppression de certaines dépenses éligibles pourraient diminuer l'enveloppe globale du CIR pour ces entreprises, les obligeant potentiellement à revoir leurs budgets de recherche.

Enjeux et perspectives pour 2025

Malgré son importance, le CIR fait l'objet de discussions dans le cadre du projet de budget 2025. Des ajustements potentiels sont envisagés, avec une possible réduction de l'enveloppe globale. Cette perspective soulève des inquiétudes dans l'industrie, craignant un impact négatif sur l'attractivité de la France pour les investissements en R&D pharmaceutique.

Conditionnalité du CIR au maintien de l'emploi

Un débat émerge également sur la conditionnalité du CIR au maintien de l'emploi dans les entreprises bénéficiaires. Selon l'OFCE, des milliers d'emplois en R&D sont menacés par des défaillances d'entreprises qui bénéficient par ailleurs du crédit d'impôt recherche. Cette situation soulève des questions sur l'efficacité du dispositif en termes de préservation des emplois dans le secteur de la recherche.

Prorogation d'autres dispositifs

Le PLF 2025 prévoit également la prorogation de certains dispositifs complémentaires au CIR :

1. Le Crédit d'Impôt Innovation (CII) est prolongé jusqu'au 31 décembre 2027, mais avec un taux réduit de 30% à 20%.
2. Le Crédit d'Impôt Collection (CIC) est également prolongé jusqu'à fin 2027.

Ces prorogations offrent une visibilité à moyen terme pour les entreprises pharmaceutiques, bien que la réduction du taux du CII puisse impacter les PME du secteur engagées dans des projets d'innovation.

Adaptation des stratégies d'entreprise

Face à ces changements, les entreprises pharmaceutiques devront adapter leurs stratégies :

1. Optimisation des dépenses de R&D : Une révision des processus de recherche pour maximiser l'éligibilité des dépenses au CIR sera nécessaire.
2. Renforcement de la documentation : Avec un contrôle potentiellement accru, une documentation rigoureuse des projets de R&D sera cruciale pour justifier l'éligibilité au CIR.
3. Diversification des sources de financement : Les entreprises pourraient chercher à compenser la réduction potentielle du CIR par d'autres sources de financement ou dispositifs de soutien à l'innovation.

Calendrier et mise en application

Les nouvelles mesures du PLF 2025 concernant le CIR s'appliqueront aux dépenses engagées à partir de 2025, à l'exception de certaines dispositions comme la prorogation du CII qui est rétroactive au 1er janvier 2025. Les entreprises doivent donc se préparer rapidement à ces changements pour optimiser leur stratégie fiscale dès le début de l'année.

Il est important de noter que la date limite de déclaration du CIR 2024 est fixée à mai 2025 pour les entreprises clôturant au 31 décembre 2024. Cette échéance sera cruciale pour les entreprises pharmaceutiques qui devront naviguer entre les anciennes et les nouvelles règles du CIR.

Le CIR demeure un pilier du soutien à l'innovation dans l'industrie pharmaceutique française en 2025. Alors que le secteur fait face à des défis croissants en matière de développement de nouveaux traitements et de compétitivité internationale, le maintien d'un dispositif CIR robuste apparaît comme un enjeu crucial pour préserver la position de la France dans la course mondiale à l'innovation médicale.

Cependant, les modifications apportées par le PLF 2025 nécessitent une adaptation rapide des entreprises pharmaceutiques. Elles devront optimiser leurs stratégies de R&D, renforcer leur documentation et potentiellement diversifier leurs sources de financement pour maintenir leur dynamique d'innovation.

L'évolution du CIR en 2025 reflète un équilibre délicat entre la nécessité de soutenir l'innovation et celle de maîtriser les dépenses publiques. Pour l'industrie pharmaceutique, l'enjeu sera de continuer à tirer parti de ce dispositif tout en s'adaptant à un cadre réglementaire en mutation, dans un contexte où l'innovation médicale n'a jamais été aussi cruciale pour répondre aux défis de santé publique.

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