CIR et Bpifrance : faut-il encore déduire les aides de l’assiette du crédit d’impôt recherche ?

Faut-il déduire les aides Bpifrance de l’assiette du CIR ? Analyse juridique et financière après Conseil d’État 2023, TA Paris 2026 et loi de finances 2025.

Pendant des années, la règle était appliquée sans discussion : une aide versée par Bpifrance était déduite de la base du Crédit d’Impôt Recherche. La décision du Conseil d'État du 12 juillet 2023 (n°463363), puis celle du Tribunal administratif de Paris du 28 janvier 2026, commentée notamment par WeAreBold, ont rouvert le débat. 

La réforme issue de la loi de finances pour 2025, désormais intégrée à l’article 244 quater B du CGI (consultable sur Légifrance), en modifie encore la portée. Pour une direction financière, l’enjeu est direct : l’assiette du CIR conditionne le cash, la trajectoire de trésorerie et le profil de risque fiscal.

Pourquoi la qualification de “subvention publique” est-elle devenue structurante ?

Le III de l’article 244 quater B du CGI prévoit que les subventions publiques reçues pour financer des opérations de recherche doivent être déduites de l’assiette du CIR.

 La doctrine administrative, notamment le BOFiP – BOI-BIC-RICI-10-10-30-20, rappelle cette obligation et précise les modalités de retraitement. Pendant longtemps, les entreprises ont retenu une approche extensive : toute aide issue de l’écosystème public était assimilée à une subvention publique. 

Or, dans sa décision du 12 juillet 2023, le Conseil d’État a adopté une lecture restrictive : constitue une subvention publique, au sens du CIR, une aide versée par une personne morale de droit public. La précision est décisive. 

Juridiquement, Bpifrance est une société anonyme de droit privé, même si son capital est majoritairement public et qu’elle exerce une mission d’intérêt général. La question n’est donc plus de savoir si l’aide “vient de l’État”, mais si l’entité versante relève du droit public. Cette distinction, en apparence technique, devient structurante pour l’assiette.

En quoi la décision du Tribunal administratif de Paris ouvre-t-elle un débat sur le passé ?

Dans sa décision du 28 janvier 2026, le Tribunal administratif de Paris a estimé que, pour les exercices relevant de l’ancienne rédaction du texte, les aides versées par Bpifrance ne relevaient pas nécessairement de la notion de subvention publique telle qu’interprétée par le Conseil d’État. La portée de cette décision est claire : elle ouvre une fenêtre pour revisiter les pratiques de déduction appliquées par prudence sur certains exercices antérieurs à la réforme de 2025. 

Il ne s’agit pas d’une remise en cause générale du principe de déduction, mais d’une requalification possible pour des périodes spécifiques. La décision n’est toutefois pas définitive ; elle peut être contestée en appel. Un Directeur Financier doit donc intégrer cette incertitude dans son analyse et éviter toute approche binaire.

Pourquoi la réforme de 2025 modifie-t-elle l’analyse pour les exercices récents ?

La loi de finances pour 2025 a modifié l’article 244 quater B du CGI, élargissant la définition des subventions publiques aux aides versées par des personnes morales de droit privé chargées d’une mission de service public. La nouvelle rédaction, accessible sur Légifrance, réduit la portée des raisonnements fondés uniquement sur la nature juridique de l’entité versante. 

En pratique, cela signifie que l’analyse ouverte par la jurisprudence de 2023 et 2026 peut concerner les exercices antérieurs, mais qu’elle ne se transpose pas mécaniquement aux dépenses postérieures à l’entrée en vigueur de la réforme. La gestion doit donc être segmentée dans le temps : audit du passé, sécurisation du présent.

La nature de l’instrument financier change-t-elle le traitement ?

Oui. Il est essentiel de distinguer subventions non remboursables, avances récupérables et prêts. 

La doctrine administrative exposée dans le BOFiP prévoit des modalités spécifiques, notamment en cas d’avance susceptible d’être remboursée ou convertie. Une subvention définitivement acquise n’a pas le même traitement qu’une avance conditionnelle. Pour une direction financière, la qualification contractuelle, comptable et juridique de chaque instrument est déterminante. 

Un traitement global “aides Bpifrance = déduction” ou “aides Bpifrance = jamais de déduction” serait juridiquement fragile et stratégiquement imprudent.

Quel est l’impact financier concret ?

Entreprise A, ETI industrielle, a engagé 6 000 000 € de dépenses R&D et perçu 1 800 000 € d’aides Bpifrance. Elle a déduit ces aides et déclaré une assiette de 4 200 000 €, générant un CIR de 1 260 000 €. Si l’aide n’avait pas été déduite sur un exercice relevant de l’ancienne rédaction, l’assiette aurait été de 6 000 000 € et le CIR de 1 800 000 €, soit un différentiel potentiel de 540 000 €.

Entreprise B, scale-up deeptech, a engagé 3 000 000 € de dépenses R&D et perçu 900 000 € d’aides sans déduction. Elle a déclaré un CIR de 900 000 €. Si l’administration imposait une déduction, l’assiette serait ramenée à 2 100 000 € et le CIR à 630 000 €, soit un risque de 270 000 €.

Ces scénarios illustrent que l’enjeu est significatif. L’analyse doit intégrer la matérialité financière, le délai de réclamation, la probabilité de contrôle et la solidité documentaire.

Le cumul CIR et Bpifrance est-il remis en cause ?

Non. Le cumul reste autorisé. Le débat porte exclusivement sur la base de calcul du CIR. Toutefois, il convient de rappeler que les aides Bpifrance relèvent également des règles européennes en matière d’aides d’État, notamment en matière d’intensité maximale d’aide selon la nature des travaux (recherche industrielle, développement expérimental).

 Si le CIR relève d’un régime fiscal validé par la Commission européenne, le cumul global des aides doit rester cohérent avec le cadre RDI applicable. Pour une direction financière, la vision doit donc être consolidée : assiette fiscale d’un côté, intensité d’aide de l’autre.

Saviez-vous que vous n’auriez pas dû déduire les aides Bpifrance en 2023-2024 ?

Une question mérite d’être posée clairement aux directions financières : avez-vous appliqué une déduction automatique des aides Bpifrance sur vos exercices 2023 et 2024… alors même que cette déduction n’était peut-être pas juridiquement fondée au regard du droit applicable à cette période ?

La décision rendue le 28 janvier 2026 par le Tribunal administratif de Paris s’inscrit dans le prolongement de la décision du Conseil d'État du 12 juillet 2023 (n°463363), accessible sur Legifrance.

Pour les exercices concernés par l’ancienne rédaction de l’article 244 quater B du CGI, le Tribunal a considéré que les aides versées par Bpifrance ne relevaient pas de la notion de “subvention publique” telle qu interprétée par le Conseil d’État, dès lors que Bpifrance est juridiquement constituée sous forme de société anonyme de droit privé.

La conséquence pratique est importante : sur la période 2023-2024, avant l’entrée en vigueur de la réforme issue de la loi de finances pour 2025, la déduction automatique des aides Bpifrance de l’assiette du CIR pourrait ne pas être juridiquement exigée.

Autrement dit, certaines entreprises ont peut-être minoré leur crédit d’impôt par excès de prudence.

Une déclaration rectificative 2023 et/ou 2024 est-elle envisageable ?

Oui, sous conditions.

Si une entreprise a déduit des aides Bpifrance sur les exercices 2023 et/ou 2024, et si ces exercices sont encore ouverts au délai de réclamation, elle peut envisager le dépôt d’une déclaration rectificative visant à recalculer l’assiette du CIR sans déduction des aides concernées.

Cette démarche suppose toutefois d’identifier précisément la nature des aides perçues (subvention, avance récupérable, prêt), de vérifier que l’exercice relève bien de la rédaction antérieure à la réforme 2025, d’évaluer la solidité juridique de la position retenue et d’intégrer le fait que la décision du Tribunal administratif de Paris n’est pas définitive et pourrait faire l’objet d’un appel.

Il ne s’agit donc pas d’une opportunité automatique, mais d’une analyse stratégique à conduire dossier par dossier.

Pour une direction financière, la question devient simple : le montant en jeu justifie-t-il l’engagement d’une démarche rectificative au regard du risque contentieux ?

Points clés à retenir

• Le cumul entre aides Bpifrance et Crédit d’Impôt Recherche est pleinement autorisé ; le débat porte exclusivement sur la détermination de l’assiette du CIR et non sur la possibilité de mobiliser les deux dispositifs.
• La décision du Conseil d’État du 12 juillet 2023 a introduit une lecture restrictive de la notion de subvention publique, fondée sur la nature juridique de l’entité versante, ce qui remet en cause certaines pratiques automatiques de déduction appliquées par prudence.
• La décision du Tribunal administratif de Paris du 28 janvier 2026 ouvre une analyse pour les exercices antérieurs à la réforme de 2025, mais elle n’est pas définitive et doit être intégrée dans une gestion structurée du risque contentieux.
• La loi de finances pour 2025 élargit la définition applicable aux exercices récents, limitant la transposition des raisonnements jurisprudentiels antérieurs et imposant une sécurisation accrue pour l’avenir.
• L’analyse doit être conduite instrument par instrument (subvention, avance récupérable, prêt) et exercice par exercice, en documentant précisément la qualification retenue et la ventilation des dépenses.
• Le raisonnement financier doit intégrer la matérialité des montants en jeu, le délai de réclamation encore ouvert, la probabilité de contrôle et l’impact sur la trésorerie.
• Au-delà de la technique fiscale, il s’agit d’un sujet de gouvernance financière et de pilotage stratégique du financement public de l’innovation, pouvant relever du comité d’audit lorsque les montants sont significatifs.
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La question n’est pas de choisir entre déduction systématique ou absence de déduction systématique. La question est de déterminer, pour chaque période et chaque instrument, quelle position est juridiquement fondée, financièrement pertinente et stratégiquement défendable. Pour un CFO, la bonne approche n’est ni l’automatisme ni l’opportunisme, mais l’analyse structurée et documentée du rapport entre gain potentiel et exposition au risque.

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