CIR et CII : tout savoir sur le contrôle fiscal

Vous avez fait une démarche CIR et CII, et vous appréhendez le contrôle fiscal ? Pas de panique, on vous explique.

Olivier Equey

Manager en fiscalité de la recherche – France

12/12/2024

8 minutes de lecture


Les aides fiscales destinées à encourager l’innovation représentent un enjeu significatif pour le budget de l’État. 

Le Crédit d'Impôt Recherche (CIR), avec un coût avoisinant 7 milliards d’euros par an, constitue actuellement la principale niche fiscale en France. 

Bien que ces dispositifs, tels que le CIR et le Crédit d'Impôt Innovation (CII), soient essentiels pour stimuler l'innovation, promouvoir l'emploi et maintenir la compétitivité nationale, il est crucial d'assurer un suivi rigoureux de leur utilisation, étant donné qu'il s'agit de fonds publics.

Cependant, la notion de “suivi” suscite souvent des craintes et est source de malentendus. Les entreprises entendent fréquemment parler de demandes d'information émanant de l'administration, de contrôles fiscaux ou encore de vérifications comptables. 

Bien que ces termes soient généralement mal perçus et confondus, ils renvoient à des procédures distinctes avec des objectifs et des implications variés. Toutes, néanmoins, tendent à générer une certaine appréhension, au point que certaines entreprises choisissent délibérément de ne pas recourir à ces dispositifs, ce qui est regrettable.

Quelles sont les modalités d'application du CIR/CII ? 

C'est le point de départ essentiel. Pour différencier correctement les diverses formes de contrôle fiscal, il est nécessaire de revenir aux fondamentaux : la déclaration du crédit d'impôt.

Deux scénarios peuvent se présenter :

  • Entreprises bénéficiaires : ces entreprises calculent et déclarent leur crédit d'impôt, puis soustraient le montant du CIR ou du CII de leur impôt sur les sociétés (IS). 

Par exemple, si l'entreprise Dupont doit payer 60 000 € au titre de l'IS, mais bénéficie de 50 000 € de CIR, elle ne devra finalement régler que 10 000 €. Ce procédé est connu sous le nom d'imputation de la créance.

  • Entreprises déficitaires : elles procèdent également au calcul et à la déclaration de leur crédit d'impôt. Cependant, n'ayant pas d'IS à payer, ce CIR ou CII se transforme en un avoir, utilisable pour réduire d'éventuels futurs exercices bénéficiaires, ou remboursable automatiquement après trois ans.

💡Bon à savoir

Les PME ont néanmoins la possibilité de solliciter un remboursement immédiat de ce crédit d'impôt auprès de l'administration, dans le but de recevoir rapidement le montant correspondant.

Quid de la demande d’information ?

Lorsqu’une entreprise est en situation déficitaire, elle a la possibilité de demander un remboursement immédiat en complétant le formulaire 2573-SD, en complément du formulaire de déclaration 2069-A-SD

Ce cas de figure s'applique également aux entreprises qui souhaitent déclarer rétroactivement un CIR/CII via une déclaration rectificative, c'est-à-dire en valorisant les dépenses de recherche et développement (R&D) et d'innovation des années N-2 ou N-3. 

💡Bon à savoir

En effet, avec le crédit d'impôt recherche et le crédit d'impôt innovation, il est possible de revenir jusqu’à trois ans en arrière.

Avant de procéder au remboursement, l'administration fiscale effectue souvent des vérifications afin de comprendre le montant du crédit d'impôt demandé et, surtout, de vérifier l’éligibilité de l’entreprise au dispositif concerné. Cette procédure est désignée sous le terme de demande d'information.

La demande d'information consiste en une analyse des documents par le service des impôts des entreprises (SIE). Généralement, il est requis de fournir :

  • Les éléments financiers (dossier financier, journal de paie, factures de prestataires, feuilles de temps, CV, diplômes, etc.).
  • Le dossier technique justificatif décrivant les travaux réalisés.
  • Cette démarche vise uniquement à vérifier la déclaration de CIR ou de CII pour laquelle un remboursement est demandé ; elle n’implique pas d'examen de l'ensemble de la comptabilité. L’unique objectif de l’administration est de valider ou non le remboursement du crédit d’impôt.
  • Les échanges se déroulent par courrier et l’inspecteur des impôts peut demander l’intervention d’un expert technique du MESRI (Ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation) pour confirmer l'éligibilité des travaux.
  • Cette demande d’information a priori se conclut par une approbation ou un refus de remboursement, ou éventuellement par un remboursement ajusté à la baisse si certaines dépenses ou projets ne sont pas jugés éligibles

Et si vous souhaitez contester les demandes de l’inspecteur ? 

Si une entreprise souhaite contester les conclusions de l’inspecteur, elle peut répondre par écrit pour tenter de modifier la décision de l'administration. Si le vérificateur ne revoit pas sa décision, plusieurs recours sont possibles :

  • Envoyer une nouvelle réclamation à l’inspecteur.
  • Faire appel au conciliateur de la Direction Générale des Finances Publiques (DGFIP).
  • Saisir le tribunal administratif.

A posteriori : L’avis de vérification de comptabilité 

Une fois que vous avez imputé directement votre crédit d’impôt sur votre impôt sur les sociétés (IS) ou que vous avez déjà bénéficié d’un remboursement, l’administration fiscale est en droit de procéder à des vérifications ultérieures. Pour le crédit d'impôt recherche (CIR) et le crédit d'impôt innovation (CII), ces vérifications peuvent être effectuées dans les trois années suivant la déclaration. 

À cet effet, l’administration vous fera parvenir un avis de vérification de comptabilité.

Contrairement à la demande d’information, qui vise à s'assurer que vous avez légitimement droit à un remboursement, la vérification de comptabilité examine si vous étiez en droit de bénéficier des crédits d’impôt déjà perçus, qu'il s'agisse d'une imputation ou d'un remboursement antérieur. 

En d’autres termes, la demande d’information intervient avant la perception du crédit d’impôt, tandis que la vérification de comptabilité a lieu après.

Soyez vigilants ! 

Une autre distinction réside dans l'étendue de l'examen : alors que la demande d’information se limite au CIR et au CII, la vérification de comptabilité englobe généralement l'intégralité de la comptabilité de l’entreprise, bien qu'elle puisse parfois être restreinte au seul crédit d’impôt reçu. De plus, la vérification de comptabilité peut se dérouler sur pièces, à distance, ou directement dans l’entreprise via un contrôle sur place.

Pour le CIR et le CII, le vérificateur demandera souvent la fourniture de documents similaires à ceux requis lors d'une demande d’information, notamment les éléments financiers et le dossier technique justificatif.

À la suite de ces vérifications, l’administration peut valider les montants de CIR ou CII. Toutefois, en cas de divergence ou d’erreur constatée, l’administration adressera une proposition de rectification. Ce document détaille les conclusions du contrôle fiscal et présente notamment les dépenses non retenues dans le calcul, le montant du redressement envisagé, ainsi que les motifs de ce dernier.

Une procédure spécifique, connue sous le nom d'observations du contribuable, permet de contester cette proposition de rectification. 

Vous disposez d'un délai de 30 jours, renouvelable une fois, pour présenter vos observations. L’administration doit vous répondre, ce qui est désigné comme la réponse aux observations du contribuable. Si vous n'êtes pas satisfait de cette réponse, vous pouvez demander un « recours hiérarchique », vous permettant de discuter avec les supérieurs hiérarchiques du vérificateur.

Bon à savoir 💡

Si la situation demeure inchangée, vous pouvez faire appel au médiateur des Finances Publiques, au médiateur des entreprises, ou au conciliateur fiscal. 

En dernier recours, si un désaccord persiste, vous devrez déposer une réclamation auprès de votre service des impôts. Si cette réclamation est rejetée, vous pourrez saisir le tribunal administratif.

Les craintes infondées sur le contrôle fiscal

Il arrive fréquemment qu'au cours de nos échanges avec des entreprises, leurs dirigeants expriment une telle crainte d’un contrôle fiscal exhaustif de leur comptabilité qu'ils renoncent à déclarer le crédit d’impôt recherche (CIR) ou le crédit d’impôt innovation (CII), malgré leur éligibilité. 

Ils croient à tort que la déclaration de CIR ou de CII déclenche systématiquement une vérification de comptabilité. C’est faux ! 

L'avis de vérification de comptabilité est indépendant de la déclaration de CIR ou de CII. 

Bon à savoir 💡

En réalité, statistiquement, une entreprise est sujette à ce type de vérification en moyenne une fois tous les sept ans.

En revanche, la demande d’information est une occurrence régulière lorsqu’une entreprise sollicite un remboursement de CIR ou de CII. Cependant, il n'y a pas lieu de s'alarmer. Il est rassurant de constater que l’administration s’assure de la bonne utilisation des fonds publics. Cette procédure ne porte que sur le CIR et le CII, visant exclusivement à valider ou non un remboursement ; elle est donc distincte d'une vérification complète de comptabilité.

Quel que soit le type de contrôle fiscal envisagé, il est essentiel de préparer soigneusement les documents nécessaires aux déclarations, notamment le dossier financier et le dossier technique justificatif. Il est d'ailleurs préférable de constituer ces documents de façon proactive, sans attendre une demande de l’administration.

Si vous ressentez le besoin d'assistance pour élaborer ces documents ou pour dialoguer avec l’administration dans le cadre d’un contrôle fiscal, nos experts sont à votre disposition. N'hésitez pas à prendre rendez-vous avec nous pour bénéficier de notre accompagnement.

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