CIR : que faire en cas de contrôle fiscal ?

Le Crédit d'Impôt Recherche (CIR) comporte une composante fiscale ainsi qu'une composante scientifique et technique, ce qui explique la dualité de son contrôle. Ce contrôle peut être initié par l’administration fiscale ou par le Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche (MESR). Cependant, l'administration fiscale reste la seule autorité compétente pour appliquer les procédures de rectification. 

💡Bon à savoir

Le droit de reprise en matière de CIR peut être exercé jusqu'à la fin de la troisième année suivant le dépôt de la déclaration spéciale (n° 2069-A-SD). Ainsi, si une entreprise clôture son exercice au 31 décembre et sollicite un crédit d'impôt pour des dépenses de recherche engagées en 2023 :

• la déclaration de CIR devra normalement être déposée en mai 2024 ;
• le délai de reprise par l’administration fiscale pourra s'exercer jusqu'au 31 décembre 2027.

1. Le contrôle du Crédit d'Impôt Recherche (CIR) par l’administration fiscale

L’administration fiscale a la possibilité de vérifier la réalité de l’affectation des dépenses 

valorisées dans le CIR dans différents cadres :

• une vérification de comptabilité ;
• un contrôle sur pièces (concernant la déclaration n° 2069-A-SD) ;
• le traitement d’une demande de remboursement (considérée comme une réclamation contentieuse).

Si elle le juge nécessaire, elle peut solliciter l'avis du Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR) chaque fois que « l’appréciation du caractère scientifique des travaux apparaît nécessaire ».

1. Le contrôle du Crédit d'Impôt Recherche (CIR) par le MESR

Le Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR) peut également diligenter lui-même le contrôle du CIR. Une fois le contrôle effectué, le MESR communique son rapport à l’administration fiscale, qui demeure la seule autorité habilitée à procéder à des rectifications fiscales.

Sauf dans le cas où l’agent chargé du contrôle adresse à l’entreprise une seconde demande d’informations complémentaires, cet agent n’est pas tenu de mener un débat oral et contradictoire avec l’entreprise contrôlée.

La création du comité consultatif

Conscient des difficultés rencontrées par les entreprises déclarantes lors de la vérification de l’éligibilité technique et scientifique des projets valorisés dans leurs CIR, le législateur a instauré, dans le cadre de la loi de finances pour 2016, un comité consultatif du crédit d’impôt pour dépenses de recherche.

Ce comité est présidé par un conseiller d'État. Il se compose d’un représentant de l’administration fiscale et d’un expert possédant les compétences techniques adaptées à la spécificité du Crédit d'Impôt Recherche (CIR) ou du Crédit d'Impôt Innovation (CII) et n’ayant pas été impliqué dans le litige.

Le rôle principal de ce comité est de résoudre tout désaccord persistant dans le cadre d’un contrôle fiscal « sur place » entre les entreprises et l’administration fiscale, concernant l’éligibilité des travaux de recherche et développement (R&D) valorisés.

Aujourd’hui, la Médiation des Entreprises joue un rôle significatif dans le soutien à l’innovation et dans l’accompagnement des entreprises dans leurs démarches de recherche.

Dans quels cas saisir le Médiateur ?

Les principales situations propres au CIR dans lesquelles le contribuable peut s’adresser au Médiateur sont les suivantes :

• non-versement du CIR ou du CII ;
• absence de débat, au cours d’un contrôle du CIR, sur le fond technique des projets dont l’éligibilité est rejetée.

Dans ces cas, le contribuable peut solliciter du Médiateur :

• une expertise du MESR ;
• une rencontre avec l’expert du MESR qui a statué une première fois sur l’éligibilité des projets de recherche valorisés au CIR ;
• une contre-expertise du MESR.

Le référencement dans le cadre du contrôle du Crédit d'Impôt Recherche (CIR)

À l’issue d’un processus de construction collective, impliquant les entreprises de conseil et leurs représentants, les entreprises clientes, les administrations et la Médiation, il a été décidé de mettre en place un référencement des cabinets de conseil CIR / CII. Les entreprises de conseil souhaitant être référencées s’engagent à respecter les engagements et les bonnes pratiques définis notamment par la « Charte des Acteurs du conseil en CIR-CII ». L’Autorité de référencement accorde ce référencement pour une période de 3 ans.

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