CIR et déduction des subventions publiques

La Cour administrative d’appel de Lyon a rendu une décision le 21 septembre 2023, stipulant que toute aide financière publique reçue pour soutenir une activité éligible au Crédit d’Impôt Recherche (CIR) doit être entièrement déduite de l’assiette totale, même si toutes les dépenses payées avec cette aide ne sont pas admissibles. Cette décision contredit les indications habituelles de la règle fiscale. 

Dans ce cas, une société bénéficiaire du Crédit d’Impôt Recherche (CIR) avait obtenu un financement de l’État dans le cadre du Fonds de Compétitivité des Entreprises, couvrant 40 % des coûts de son projet. Étant donné que le projet répondait aux critères d’éligibilité au CIR, l’entreprise avait déduit la subvention des dépenses éligibles au CIR, conformément à la réglementation fiscale en vigueur.

Cependant, lors d’une vérification de comptabilité de la société, l’administration fiscale a soutenu que l’intégralité de la subvention devait être déduite, même si certaines dépenses du projet n’étaient pas éligibles au Crédit d’Impôt Recherche (CIR).

Cette situation a engendré un désaccord concernant le montant de la subvention devant être déduit de l’assiette des dépenses éligibles au CIR. La société avait suivi les lignes directrices fiscales en ne déduisant qu’une part de la subvention correspondant aux dépenses éligibles au CIR. Toutefois, l’administration fiscale a adopté une approche différente, exigeant la déduction de la totalité de la subvention, indépendamment du caractère éligible ou non des dépenses liées au projet.

La décision rendue par la Cour administrative d’appel : une décision surprenante !

Face à ce désaccord, la société a décidé de porter l'affaire devant les tribunaux. Devant les juges, elle a soutenu que les subventions reçues du Fonds de Compétitivité des Entreprises avaient servi à financer à la fois des dépenses éligibles au Crédit d’Impôt Recherche (CIR) et des dépenses connexes, telles que des frais de gestion, de l’assistance non technique, de la sous-traitance de fabrication de masques, et du marketing, qui ne sont pas éligibles au CIR en raison de leur nature.

Cependant, la juridiction a pris en compte les termes de la convention de soutien de l’État, laquelle indiquait que la subvention concernée avait été versée dans le cadre d’un programme de recherche et développement (R&D) collaboratif pour lequel la société avait été spécialement créée. La Cour a noté que l’activité principale de la société durant les années concernées était de réaliser des services de R&D dans le cadre de ce programme.

En conséquence, la Cour a conclu que la subvention avait été accordée à la société en raison d’une opération éligible au CIR et que, conformément à la législation fiscale en vigueur, elle devait être intégralement déduite de la base de calcul du CIR dont la société avait bénéficié pour cette même opération. Cela était valide même si toutes les dépenses engagées dans le cadre de cette opération n'étaient pas éligibles au CIR en raison de leur nature.

Ainsi, la Cour a statué en faveur de l’administration fiscale, affirmant que la subvention devait être déduite dans sa totalité de la base de calcul du CIR de la société, conformément à la réglementation fiscale applicable. Cela signifie que même si la subvention a financé des dépenses non éligibles au CIR, elle devait néanmoins être considérée dans son intégralité pour le calcul du crédit d’impôt recherche de la société.

La portée de la décision concernant le CIR et la déduction des subventions publiques : un cas particulier ?

Dans cette décision, la Cour administrative d’appel semble adopter une interprétation différente du III de l’article 244 quater B du Code général des impôts par rapport à celle présentée dans la doctrine administrative. Cette position demeure contestable.

En effet, le Bulletin officiel des finances publiques (BOFiP) précise que « dans l’hypothèse où une entreprise recevrait une subvention afférente à un projet comportant des opérations ouvrant droit au crédit d’impôt et des opérations n’y ouvrant pas droit, seule la fraction de cette subvention afférente aux opérations ouvrant droit au crédit d’impôt devrait être déduite. »

On peut ainsi conclure qu’il semble y avoir une lecture différente et contraignante de la Cour administrative d’appel par rapport à la doctrine administrative concernant le retraitement des subventions publiques, lorsqu’elles concernent à la fois des dépenses éligibles et non éligibles au CIR.

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