Le Crédit d'Impôt Recherche (CIR) : Un levier essentiel pour l'innovation dans les HealthTech

Voici comment le CIR peut vous aider dans votre projet healthtech !

Olivier Equey

Manager en fiscalité de la recherche – France

04/03/2025

8 minutes de lecture


Le secteur des HealthTech, à la pointe de l'innovation médicale, bénéficie grandement du Crédit d'Impôt Recherche (CIR), un dispositif fiscal crucial pour stimuler la recherche et le développement (R&D) en France. En 2025, le CIR continue de jouer un rôle prépondérant dans le financement des entreprises de technologies de la santé, malgré quelques ajustements récents. Cet article explore en détail l'impact du CIR sur les HealthTech, ses modalités d'application, et les perspectives pour l'avenir.

L'importance du CIR pour les HealthTech

Le CIR permet aux entreprises de récupérer une partie significative des dépenses engagées en R&D sous forme de crédit d'impôt. Pour les HealthTech, caractérisées par des investissements intensifs et des cycles de développement longs, ce dispositif est vital. Selon un rapport de France Biotech de 2019, 88% des entreprises du secteur bénéficient du CIR, pour un montant annuel total de 800 millions d'euros.

L'importance du CIR pour les HealthTech se manifeste à plusieurs niveaux :

  1. Financement de la R&D : Le CIR permet de réduire considérablement le coût de la recherche, facilitant ainsi le développement de nouvelles technologies médicales.
  2. Attractivité pour les investisseurs : Le dispositif améliore la rentabilité des projets de R&D, rendant les entreprises plus attractives pour les investisseurs privés.
  3. Compétitivité internationale : Le CIR contribue à maintenir la compétitivité des HealthTech françaises sur la scène internationale, dans un secteur où la concurrence est particulièrement intense.
  4. Soutien aux start-ups : Pour les jeunes entreprises innovantes du secteur, le CIR représente souvent une source de financement cruciale dans les premières années d'activité.

Activités éligibles dans le domaine médical

Le CIR médical s'applique à un large éventail d'activités spécifiques aux HealthTech :

  • Développement de médicaments : Recherche sur de nouvelles molécules, optimisation de formulations existantes, études de stabilité, etc.
  • Recherche sur les dispositifs médicaux : Conception, prototypage, tests de sécurité et d'efficacité.
  • Recherches biomédicales et biotechnologiques : Études génomiques, développement de thérapies cellulaires et géniques, recherche sur les biomarqueurs, etc.
  • Essais cliniques : Phases 1, 2 et 3 des essais cliniques, y compris la conception des protocoles, le recrutement des patients, et l'analyse des données.
  • Intelligence artificielle et santé : Développement d'algorithmes pour l'aide au diagnostic, l'analyse d'images médicales, la prédiction de l'efficacité des traitements.
  • Télémédecine et santé connectée : Conception de plateformes de téléconsultation, développement d'applications de suivi des patients.

Ces activités couvrent l'ensemble du processus d'innovation, de la recherche fondamentale au développement expérimental, reflétant la diversité du secteur HealthTech.

Dépenses éligibles et taux applicables

Les dépenses éligibles au CIR dans le secteur des HealthTech comprennent :

  • Frais de personnel : Salaires et charges sociales des chercheurs et techniciens directement affectés aux travaux de R&D.
  • Amortissements : Dotations aux amortissements des immobilisations affectées à la R&D.
  • Dépenses liées aux brevets : Frais de dépôt, de maintenance et de défense des brevets.
  • Frais de sous-traitance : Dépenses confiées à des organismes de recherche agréés, publics ou privés.
  • Veille technologique : Activités de veille scientifique et technique directement liées aux travaux de R&D.
  • Normalisation : Dépenses liées à la participation aux réunions officielles de normalisation.

Le taux du CIR varie selon la localisation de l'entreprise et le montant des dépenses engagées. En métropole, il est de 30% pour les dépenses inférieures à 100 millions d'euros, et de 5% au-delà. Pour les entreprises situées dans les départements d'outre-mer, le taux peut atteindre 50%.

Évolutions récentes et perspectives

Le Projet de Loi de Finances (PLF) 2025 a introduit plusieurs modifications qui impactent le secteur des HealthTech :

  1. Réduction du taux des frais de fonctionnement : Le taux forfaitaire applicable aux frais de fonctionnement est passé de 43% à 40% des dépenses de personnel, réduisant légèrement l'assiette du CIR.
  2. Exclusion de certaines dépenses : Les dépenses de veille technologique et les frais liés aux brevets ne sont plus éligibles au CIR, ce qui pourrait affecter les stratégies de propriété intellectuelle des HealthTech.
  3. Nouvelle définition des subventions publiques : Les aides versées par des entités privées chargées d'une mission de service public sont désormais incluses dans la définition des subventions publiques, ce qui pourrait impacter le calcul du CIR pour certaines entreprises.
  4. Suppression du dispositif de jeune docteur : L'avantage spécifique lié au recrutement de jeunes docteurs a été supprimé, ce qui pourrait influencer les politiques de recrutement dans le secteur.

Ces changements, applicables dès la promulgation de la loi, nécessitent une adaptation des stratégies de R&D des HealthTech pour optimiser l'utilisation du CIR.

Complémentarité avec d'autres dispositifs

Le CIR s'inscrit dans un écosystème plus large de soutien à l'innovation, particulièrement bénéfique pour les HealthTech :

  • Le Crédit d'Impôt Innovation (CII) : Prorogé jusqu'en 2027 mais avec un taux réduit à 20%, ce dispositif complémentaire au CIR soutient spécifiquement les PME dans leurs activités d'innovation.
  • Le statut de Jeune Entreprise Innovante (JEI) : Bénéficiant à 53% des HealthTech, ce statut offre des exonérations fiscales et sociales pendant les premières années d'activité.
  • Les aides de Bpifrance : Subventions, avances remboursables et prêts spécifiques au secteur de la santé complètent le dispositif du CIR.
  • Les pôles de compétitivité : Ces clusters favorisent les collaborations entre entreprises, laboratoires de recherche et établissements de formation, renforçant l'écosystème d'innovation des HealthTech.

Défis et opportunités pour les HealthTech

Malgré les ajustements récents, le CIR reste un atout majeur pour les HealthTech françaises. Cependant, plusieurs défis se présentent :

  1. Complexité administrative : La gestion du CIR requiert une expertise spécifique, particulièrement pour les petites structures aux ressources limitées.
  2. Contrôles fiscaux : L'augmentation des contrôles fiscaux sur le CIR nécessite une documentation rigoureuse des projets de R&D.
  3. Adaptation aux évolutions réglementaires : Les changements fréquents du cadre fiscal exigent une veille constante et une capacité d'adaptation rapide.
  4. Concurrence internationale : Face à des dispositifs similaires dans d'autres pays, les HealthTech françaises doivent maintenir leur compétitivité.

Pour relever ces défis, les entreprises peuvent :

  • Renforcer leur expertise interne en matière de gestion du CIR ou faire appel à des consultants spécialisés.
  • Mettre en place des systèmes de suivi et de documentation robustes pour leurs projets de R&D.
  • Diversifier leurs sources de financement pour compléter le CIR.
  • Développer des partenariats stratégiques avec des organismes de recherche publics pour maximiser les bénéfices du CIR.

Conclusion

Le Crédit d'Impôt Recherche demeure un pilier essentiel du financement de l'innovation dans le secteur des HealthTech en France. Malgré les ajustements récents, il continue d'offrir un soutien significatif aux entreprises engagées dans la R&D médicale. Pour maximiser les bénéfices du CIR, les HealthTech doivent rester vigilantes quant aux évolutions réglementaires et optimiser leurs stratégies de R&D en conséquence.

Dans un contexte où l'innovation en santé est plus que jamais cruciale, le maintien d'un dispositif CIR robuste apparaît comme un enjeu stratégique pour préserver la compétitivité de la France dans le domaine des technologies médicales. Les HealthTech françaises, en tirant pleinement parti du CIR et de l'écosystème d'innovation qui l'entoure, sont bien positionnées pour relever les défis de santé du futur et contribuer à l'excellence médicale française sur la scène internationale.

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