Mon expert-comptable peut-il s'occuper de ma déclaration CIR/CII ?

Faire appel à un expert-comptable pour déclarer le Crédit d'Impôt Recherche (CIR) ou le Crédit d'Impôt Innovation (CII) est une pratique fréquente pour les entreprises, notamment les PME. Et cela peut vous être d’une grande aide dans certains cas, si et seulement si l’expert-comptable maîtrise bien les règles. 

En bref, que devez-vous savoir sur le CIR ?

• Le CIR est un crédit d’impôt destiné à soutenir les dépenses de recherche et développement (R&D), quelles que soient la taille ou la structure de l’entreprise.
• La base de calcul du CIR comprend notamment les dépenses de personnel (chercheurs, techniciens R&D), les amortissements de matériels dédiés à la R&D, et des frais de fonctionnement forfaitaires.
• Le CII, en revanche, est réservé aux PME (au sens communautaire) et concerne des opérations de « conception de prototypes ou d’installations pilotes » de produits nouveaux, non encore commercialisés, et présentant des performances supérieures (techniques, ergonomiques, écoconception, etc.).
• Le taux de CII est, en métropole, de 20 % des dépenses éligibles, dans la limite de 400 000 € par an.

Lisez notre article pour savoir à quel projet CII/CIR vous êtes éligibles.

Ainsi, CIR et CII sont deux régimes proches mais distincts, adressant des phases différentes d’innovation ou de développement. 

Pourquoi confier la déclaration à un expert-comptable ?

Confier la déclaration du CIR/CII à un professionnel présente plusieurs avantages :

Maîtrise de la méthodologie et des règles fiscales

Un expert-comptable expérimenté connaît les critères d’éligibilité, les types de dépenses acceptées, les plafonds, et les bonnes pratiques de documentation et de justification. Cela réduit considérablement le risque d’erreur ou de rejet en cas de contrôle.

Gain de temps et sérénité 

La déclaration implique la collecte de nombreuses informations, comme les salaires, amortissements, justificatifs, formulaires Cerfa, et autres joyeusetés de l’administration. L’expert-comptable prend en charge la constitution du dossier, avec maîtrise, ce qui vous permet un gain de temps.

Optimisation fiscale 

En optimisant l’imputation des dépenses, en vérifiant l’éligibilité et en structurant le dossier adéquatement, l’expert peut maximiser le montant du crédit ou du remboursement.

Sécurisation en cas de contrôle 

Dans le cas du CIR, en particulier, l’entreprise peut être soumise à une “vérification sur pièces” par l’administration. Un dossier bien préparé avec l’aide d’un professionnel augmente les chances de passer l’audit sans difficulté, selon le Guide CIR du ministère de la Recherche.

Quelles sont les obligations dont votre expert-comptable doit s’assurer ?

Lorsque l’expert-comptable prend en charge la déclaration, plusieurs obligations ou points de vigilance doivent être scrupuleusement respectés :

• S’assurer que l’entreprise remplit les critères d’éligibilité : pour le CII, cela signifie notamment être une PME et que le projet corresponde à la définition légale (prototype ou installation pilote d’un produit nouveau).
• Identifier toutes les dépenses éligibles selon la nature : personnel, amortissements, frais externes, etc., sans oublier que certaines dépenses (comme celles déjà prises en compte pour le CIR) ne peuvent pas être dupliquées dans le CII.
• Compléter et joindre le bon formulaire : le même formulaire (Cerfa n° 2069-A-SD) est utilisé pour CIR et CII.
• Respecter les délais de dépôt : pour une entreprise soumise à l’IS, la déclaration doit être envoyée avant le 15 du 4ᵉ mois suivant la clôture de l’exercice.
• Conserver les justificatifs (contrats, fiches de paie, factures, amortissements, description des travaux), en cas de demande de “vérification sur pièces” de l’administration. Ce qui vous enlève tout de même une sacrée charge mentale. 

Qu’est-ce qu’un expert-comptable ne doit pas faire ?

Confier la déclaration ne signifie pas absence de vigilance. Quelques erreurs ou mauvaises pratiques sont à éviter :

• Ne pas vérifier que le projet relève bien de l’innovation (dans le cas du CII) ou de la R&D (pour le CIR). Déclarer des dépenses non éligibles expose au redressement.
• Omettre de documenter correctement les dépenses : l’absence de justificatifs clairs ou de détails, comme le temps passé, le taux de charge, les amortissements réels, qui nuisent à la fiabilité du dossier.
• Confondre CIR et CII, ou “doublonner” certaines dépenses entre les deux dispositifs, ce qui est interdit.
• Négliger le suivi des délais de dépôt, ou se baser sur des calculs erronés de l’assiette ou du taux de crédit. Ces calculs changent souvent, il faut être assez vigilants ! 

Optimiser l’accompagnement de votre expert-comptable

Pour que la collaboration soit productive et sécurisée, il est recommandé de fournir dès le début l’ensemble des éléments nécessaires, tels que la description du projet (R&D ou innovation), les états de paie, les amortissements, les factures ou encore les contrats de sous-traitance.

Il est également important de demander un récapitulatif clair des dépenses prises en compte ainsi que des montants prévisionnels de crédit d’impôt (CIR et/ou CII).

Par ailleurs, il est conseillé d’anticiper la constitution du dossier justificatif : même s’il n’est pas exigé immédiatement, il sera indispensable en cas de contrôle et devra inclure la documentation technique, la description des travaux, le planning et la répartition des coûts.

Il convient aussi de prévoir le suivi de l’utilisation du crédit, celui-ci pouvant s’imputer sur l’impôt dû, faire l’objet d’un remboursement ou être reporté sur les exercices suivants selon le dispositif.

Enfin, lorsque cela est pertinent, le recours à un rescrit CII ou rescrit CIR peut permettre de sécuriser l’éligibilité avant toute déclaration.

Points clés à retenir

• L’expert-comptable sécurise la partie fiscale, pas l’éligibilité technique.
• Le CIR/CII repose d’abord sur une preuve technique : état de l’art, verrous, prototype.
• La majorité des redressements provient d’un manque de documentation, pas d’erreurs comptables.
• Une bonne collaboration repose sur la transmission de données complètes et traçables.
• La check-list ci-dessus constitue la base indispensable pour éviter les mauvaises surprises.

Nous avons écrit un ebook CIR et un ebook CII pour vous aider à y voir plus clair. 

Check-list complète : les informations à fournir à votre expert-comptable

• L’entreprise est-elle éligible au CIR ?
• L’entreprise est-elle une PME au sens UE (pour le CII) ?
• Les projets identifiés relèvent-ils clairement de la R&D (CIR) ou de l’innovation (CII) ?
• Existe-t-il un prototype ou installation pilote (CII) ?
• Les verrous techniques et les incertitudes sont-ils formalisés (CIR) ?

• Fiches de paie des personnels impliqués
• Justification du temps passé (timesheets ou méthode raisonnable)
• Contrats et fiches de poste
• Amortissements des matériels utilisés
• Coûts internes ventilés par projet

• Contrats de mission
• Factures détaillées
• Livrables produits
• Agréments CIR/CII valides
• Description du périmètre confié au prestataire

• Description du projet
• État de l’art
• Verrous ou performances supérieures visées
• Démarche expérimentale
• Résultats, tests, itérations
• Description du prototype (CII)

• Formulaire 2069-A-SD complété
• Annexe 2069-A-1-SD
• Vérification de l’imputation ou de la demande de remboursement
• Archivage des pièces
• Vérification finale de cohérence des montants
• Conservation du dossier technique complet
• Conservation du dossier financier
• Copie des formulaires déposés
• Archivage horodaté des preuves

Confier la déclaration du CIR/CII à un expert-comptable est une bonne décision, à condition de bien choisir ce professionnel, et de l’impliquer suffisamment tôt dans le processus. Mais attention, la rigueur, la traçabilité et le respect des règles sont indispensables : c’est la garantie d’un crédit d’impôt sécurisé et pérenne.Vous souhaitez vérifier si vos projets sont éligibles ? Contactez nos experts pour un diagnostic CIR ou CII gratuit et confidentiel.