Fin du statut JEI après 8 ans : que se passe-t-il ?

Que se passe-t-il à la fin du statut JEI après 8 ans ? Découvrez les solutions pour anticiper la sortie : bascule vers CIR/CII renforcé, préparation aux nouveaux financements et stratégies pour sécuriser la croissance et la R&D.

Olivier Equey

Manager en fiscalité de la recherche – France

18/09/2025

5 minutes de lecture


Après la fin du statut JEI  au bout de 8 ans, l’entreprise perd ses exonérations fiscales et sociales avantageuses, ce qui nécessite d’adopter des stratégies d’anticipation pour sécuriser sa R&D et sa croissance. Il est essentiel de préparer la transition vers de nouveaux dispositifs comme le Crédit d’Impôt Recherche (CIR)c ou le Crédit d’Impôt Innovation (CII), et d’organiser l’accès à d’autres financements publics ou européens.

La fin du statut Jeune Entreprise Innovante (JEI) marque un tournant pour les PME et startups qui ont profité de fortes exonérations sociales et fiscales pendant 8 ans. 

À ce terme, l'entreprise n'est plus éligible et voit ses charges patronales et fiscales augmenter subitement, impactant directement sa trésorerie.

Conséquences de la sortie du dispositif JEI

Concrètement, à la fin de la huitième année d'existence :

  • L’entreprise perd l’exonération totale ou partielle de charges sociales sur les salaires de ses personnels R&D.
  • Les exonérations d’impôt sur les sociétés cessent également.
  • Elle doit remettre à jour ses prévisions financières pour absorber cette hausse de coût.

Cette transition peut fragiliser le modèle économique si aucune anticipation n’est mise en œuvre.

Pourquoi anticiper la fin du statut JEI ?

Une anticipation réussie de la fin du JEI permet :

  • D’éviter un choc de trésorerie.
  • De conserver la dynamique de recrutement et de développement technologique.
  • De sécuriser la politique d’innovation et la croissance sur le long terme.

Les entreprises risquent autrement de devoir ralentir leur programme de R&D, voire réduire leurs effectifs, alors même que leur capacité à innover et se différencier reste cruciale à ce stade de maturité.

Stratégies pour anticiper la sortie du JEI

La préparation à la perte des avantages JEI doit être un chantier prioritaire dès la septième année d’existence. Voici les axes principaux.

Bascule vers le Crédit d’Impôt Recherche (CIR)

Le CIR est le principal relais après la sortie du JEI. Il permet de récupérer jusqu’à 30% des dépenses R&D dans le cadre du régime fiscal général. Cela inclut la rémunération des chercheurs, les dotations aux amortissements de matériels, les frais de brevets, les dépenses de sous-traitance avec des organismes publics, etc.

Anticiper la bascule vers le CIR implique :

  • De renforcer la documentation scientifique et financière de ses projets de R&D.
  • D’auditer les dépenses actuelles pour identifier celles qui seront éligibles à ce crédit d’impôt.
  • De mettre en place un suivi précis, car l’administration fiscale effectue de plus en plus de contrôles.

Crédit d’Impôt Innovation (CII)

Complémentaire du CIR, le CII cible les PME qui réalisent des opérations d’innovation (design de produits, améliorations techniques non encore disponibles). Il permet de financer les premières étapes de développement du produit.

La préparation à cette transition consiste à :

  • Structurer ses programmes d’innovation avec des fiches projet précises, décrivant le caractère innovant des travaux menés.
  • Penser à cumuler CIR et CII dans la limite des critères de chaque dispositif.

Recherche de nouveaux financements publics et européens

Sortir du statut JEI doit amener à élargir le spectre de financement :

  • Subventions BPI France dédiées à l’innovation et la DeepTech.
  • Programmes européens Horizon Europe ou EIC.
  • Appels à projets régionaux ou sectoriels.

Les équipes financières doivent réaliser une veille active et anticiper les échéances de ces dispositifs pour ne pas creuser le déficit de financement avec la sortie du JEI.

Réorganisation financière et RH

Sans exonération sociale, le coût des chercheurs augmente. Il faut donc :

  • Revoir les politiques de rémunération et d’embauche.
  • Mettre l’accent sur l’optimisation des coûts et la montée en compétences des équipes existantes.

Points de vigilance lors de la transition

  • Veiller à respecter scrupuleusement les critères d’éligibilité du CIR et du CII pour sécuriser ses dossiers.
  • S’assurer chaque année de la conformité des projets de R&D et d’innovation.
  • Privilégier le dépôt d’un rescrit fiscal pour obtenir une position formelle de l’administration et réduire les risques de requalification lors de contrôles.

Cas particuliers et évolution réglementaire

Depuis 2024, les exonérations fiscales du JEI sont supprimées pour les entreprises nouvellement créées. Seules les exonérations sociales s’appliquent, ce qui rend la bascule vers le CIR/CII d’autant plus déterminante pour maintenir l’attractivité de l’entreprise.

Les entreprises créées avant 2023 doivent surveiller l’évolution du seuil de dépenses de R&D (porté à 20% en 2025).

Actions pratiques pour une sortie réussie du JEI

  • Auditer ses dépenses 12 mois avant la fin du dispositif pour anticiper l’impact financier réel.
  • Désigner au sein de l’entreprise un responsable de l’innovation chargé de la transition vers le CIR/CII et des autres dispositifs.
  • Engager des partenaires spécialisés (conseil en fiscalité, experts-comptables, plateformes d’aide à l’innovation) pour optimiser les déclarations et sécuriser les financements.

Conclusion

La fin du statut JEI ne marque pas la fin de la politique d’innovation de l’entreprise, mais implique une évolution stratégique de la gestion de ses financements et de son organisation. En anticipant cette échéance et en basculant vers les dispositifs CIR-CII, la PME innovante peut continuer à croître et à innover dans les meilleures conditions.

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