Stratégie nationale hydrogène : comment le CIR et le CII dynamisent l’innovation en France

L’hydrogène, bien que critiquée reste un formidable levier d’innovation, surtout grâce au CII et CIR.

Olivier Equey

Manager en fiscalité de la recherche – France

05/06/2025

5 minutes de lecture


La transition vers une économie décarbonée est un enjeu majeur pour la France, qui s’est dotée d’une stratégie nationale ambitieuse pour le développement de l’hydrogène vert. Cette filière, au cœur du plan France 2030, mobilise des investissements massifs, des dispositifs de soutien et des outils fiscaux puissants pour accélérer la recherche, l’innovation et l’industrialisation. Parmi ces leviers, le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) et le Crédit d’Impôt Innovation (CII) occupent une place centrale pour les entreprises engagées dans la révolution hydrogène.

La stratégie nationale hydrogène : un pilier de la transition énergétique

La France a fait de l’hydrogène un axe stratégique de sa politique énergétique. L’objectif est double : décarboner l’industrie et les transports, et positionner la France comme leader européen de l’hydrogène propre. Le gouvernement a ainsi alloué plus de 9 milliards d’euros pour soutenir la recherche, l’innovation et la création d’écosystèmes territoriaux autour de l’hydrogène.

Les axes prioritaires de la stratégie

  • Décarbonation de l’industrie : remplacer l’hydrogène fossile par de l’hydrogène vert dans les procédés industriels.
  • Mobilité lourde : développer des solutions hydrogène pour les camions, trains, bus et bateaux.
  • Recherche et innovation : soutenir le développement de technologies de rupture, réduire les coûts de production et améliorer la compétitivité.
  • Souveraineté industrielle : structurer des filières françaises d’électrolyseurs, de piles à combustible et de composants stratégiques.

Un écosystème dynamique

La stratégie nationale s’appuie sur un réseau d’acteurs publics et privés : entreprises, start-ups, laboratoires, pôles de compétitivité, collectivités et agences telles que l’ADEME ou Bpifrance. Des appels à projets réguliers financent la R&D, l’industrialisation et les démonstrateurs à grande échelle.

CIR et CII : deux leviers fiscaux puissants pour l’innovation hydrogène

Qu’est-ce que le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) ?

Le CIR est un dispositif fiscal qui permet aux entreprises de récupérer jusqu’à 30 % de leurs dépenses de recherche et développement sous forme de crédit d’impôt. Il concerne :

  • Les salaires des chercheurs et techniciens affectés à la R&D
  • Les dépenses de sous-traitance de recherche (laboratoires publics, privés agréés)
  • Les amortissements de matériels et équipements dédiés à la R&D
  • Les frais de brevets, de veille technologique et de normalisation

Dans le secteur hydrogène, le CIR finance par exemple la recherche sur l’électrolyse de l’eau, le développement de nouveaux matériaux pour les piles à combustible ou l’optimisation des procédés de stockage et de transport.

Qu’est-ce que le Crédit d’Impôt Innovation (CII) ?

Le CII est une extension du CIR, réservée aux PME, qui couvre les dépenses liées à la conception de prototypes ou d’installations pilotes de nouveaux produits. Il permet de bénéficier d’un crédit d’impôt de 20 % (plafonné à 400 000 € par an).

 

Le CII est particulièrement adapté dans la phase de développement de solutions innovantes, comme la réalisation de prototypes d’équipements hydrogène, la mise au point de nouveaux systèmes de stockage ou la création d’outils industriels spécifiques.

Articuler CIR, CII et financements publics pour maximiser son projet hydrogène

Cumuler les dispositifs pour accélérer l’innovation

Les entreprises peuvent cumuler le CIR et le CII avec les subventions nationales (ADEME, Bpifrance) ou européennes (Horizon Europe, Clean Hydrogen Partnership). Il est toutefois essentiel de bien documenter ses travaux pour éviter le double financement sur les mêmes dépenses.

Exemple concret :Une PME développe un électrolyseur innovant :

  • Les travaux de recherche fondamentale sont éligibles au CIR.
  • La réalisation de prototypes industriels est éligible au CII.
  • L’industrialisation peut être soutenue par une aide ADEME ou Bpifrance.

Sécuriser sa démarche

La fiscalité de l’innovation exige une documentation rigoureuse : description des travaux, justification de l’état de l’art, preuves des dépenses, conformité aux critères d’éligibilité. Faire appel à un cabinet spécialisé, comme Myriad Consulting peut être une excellente option. 

Pourquoi le CIR et le CII sont stratégiques pour la filière hydrogène ?

Réduire le risque financier

Le développement de technologies hydrogène nécessite des investissements lourds et des cycles d’innovation longs. Le CIR et le CII permettent d’alléger la charge fiscale, de sécuriser la trésorerie et de réinvestir dans la R&D.

Accélérer l’industrialisation

En soutenant la phase de prototypage et de pré-industrialisation, le CII facilite le passage de la recherche au marché, un enjeu clé pour la compétitivité de la filière française face à la concurrence internationale.

Favoriser l’émergence de champions nationaux

En combinant dispositifs fiscaux et aides directes, la France favorise l’émergence de leaders technologiques capables de répondre aux enjeux de la transition énergétique et de la souveraineté industrielle.

 

Bonnes pratiques pour valoriser le CIR et le CII dans un projet hydrogène

  • Anticiper la structuration du projet : identifier les phases éligibles et documenter chaque étape.
  • Collaborer avec des laboratoires publics ou privés agréés pour maximiser les dépenses éligibles.
  • Mettre en place une veille technologique pour justifier l’état de l’art et l’innovation.
  • Sécuriser la traçabilité des dépenses (temps passé, factures, rapports techniques).
  • S’informer sur les appels à projets complémentaires (ADEME, Bpifrance, Europe) pour maximiser le financement global.

FAQ – CIR, CII et stratégie hydrogène

Quels types de projets hydrogène sont éligibles au CIR ?

Tout projet comportant une démarche de recherche scientifique ou technique : nouveaux procédés, matériaux, logiciels, amélioration significative de l’existant.

Le CII est-il réservé aux start-ups ?Non, il concerne toutes les PME au sens européen, quel que soit leur âge ou leur secteur.

Peut-on cumuler CIR/CII et aides publiques ?

Oui, mais il faut éviter de déclarer deux fois les mêmes dépenses. La transparence et la traçabilité sont essentielles.

Quelles sont les erreurs à éviter ?

Mauvaise documentation, confusion entre innovation et simple amélioration, dépenses non éligibles ou absence de preuve de l’état de l’art.

Où trouver les appels à projets hydrogène ?

Sur les sites de l’ADEME, Bpifrance, et sur les portails européens (Horizon Europe, Clean Hydrogen Partnership).

 

La stratégie nationale hydrogène s’appuie sur un écosystème d’aides publiques et d’incitations fiscales pour faire émerger une filière compétitive et souveraine. Le CIR et le CII sont des outils incontournables pour les entreprises investissant dans l’innovation hydrogène. Pour maximiser leur impact, il est recommandé de s’entourer d’experts et de rester à l’affût des opportunités de financement.

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